准噶尔部是中国厄鲁特蒙古族的一支。明末清初，准噶尔部贵族兼并了厄鲁特蒙古各部，逐步控制了天山南北，在西起巴尔喀什湖，北越阿尔泰山，东到吐鲁番，西南至吹河、塔拉斯河的中国西部边疆地区，建立了准噶尔贵族的封建统治。

　　清政府为了保卫边疆的安宁，反抗沙俄的侵略，对准噶尔部封建主噶尔丹进行了坚决的斗争。

　　1690年7月2日，康熙帝组成以和硕裕亲王福全为抚远大将军和以和硕恭亲王常宁为安北大将军的左右两路大军，分别出古北口和喜峰日。7月14日，康熙帝也从北京启程，24日进驻博洛河屯(今河北隆化县)，节制诸军，统筹全局，开始了康熙帝的第一次亲征。

　　1696年2月，康熙帝发兵10万，分三路大举出击。 5月13日，西路军在昭莫多(今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德)与噶尔丹叛军相遇，双方展开了激烈鏖战。昭莫多一战，基本上歼灭了噶尔丹的叛军力量，清军取得平叛战争的决定性胜利。

　　噶尔丹战败后，率残部流窜于塔米尔河流域，成为一股走投无路、日暮途穷的流匪。但他顽固到底，拒不接受清政府的招抚，继续坚持分裂祖国的叛乱，作最后的垂死挣扎。

　　为了彻底消灭噶尔丹势力，康熙帝认为必须乘其新败之后，捣其巢穴，以其“万年之计”。1697年2月，康熙帝举行第三次平叛的军事行动，命费扬古、马恩哈分别统率两路大军，共6000人，由宁夏出发，进剿噶尔丹残部。4月，康熙帝亲赴宁夏，指挥这次军事行动。

　　噶尔丹败死后，他的侄子策妄阿拉布坦继续任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大起来，和清政府发生矛盾冲突。

　　康熙帝没有能彻底平定准噶尔贵族的叛乱就于1722年死了。他所制定的政策，由他的儿子雍正帝、孙子乾隆帝继续推行并得到贯彻。

　　经过多年的战争，1759年8月，清军抵达喀什噶尔，平定了支持阿睦尔撒纳作乱的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。这年秋天，天山南路完全平定，结束了西北地区长期以来的分裂局面。